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Ausstattung

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Informationen zur Ausstattung.

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Sequenzierer

MiSeq

NGS Sequenzierer (Illumina) für kleine Sequenzierprojekte:

  • Teilgenomsequenzierung: kleine bis grössere Gen-Panel (bis zu 10 Mb)
  • miRNA und SMall RNA Analysen
  • 16S Metagenomik Sequenzierung
  • Maximal 15 Gigabasen je Lauf
  • Sequenzierlänge bis zu 2 x 300bp

NextSeq 500

NGS Sequenzierer (Illumina) für kleinere bis mittlere Sequenzierprojekte:

  • Teilgenomsequenzierung: kleine bis grössere Gen-Panel (bis zu 10 Mb)
  • RNA-seq oder ChIP-seq: 7 - 8 Proben
  • Maximal 120 Gigabasen je Lauf

HiSeq 4000

NGS Sequenzierer (Illumina) für mittlere bis große Sequenzierprojekte:

  • Genomsequenzierung Teilgenomsequenzierung: große Gen-Panels, Exome (z. B. 110x Abdeckung: 48 Proben/Lauf)
  • RNA-seq und ChIP-seq, Methyl-seq
  • maximal 1500 Gigabasen pro Lauf (8 Lanes)

NovaSeq 6000

NGS Sequenzierer (Illumina) für große Sequenzierprojekte:

  • Genomsequenzierung, Teilgenomsequenzierung: Exome (z. B. 120x Abdeckung: 16-96+ Proben/Lauf)
  • RNA-seq und ChIP-seq, Methyl-seq
  • maximal 3000 Gigabasen pro Lauf (4 Lanes)

Qualitätskontrolle

Agilent 4200 TapeStation

Automatisierte, schnelle und stabile Qualitätskontrolle von bis zu 96 Proben

  • Eingangskontrolle: Integrität genomischer DNA, Integrität von totalRNA-Isolaten
  • NGS-Bibliotheken: Fragmentgröße und Konzentrationsbestimmungen
  • Proben-QC für Mikroarrays (ArrayCGH) oder quantitative PCR (qPCR)

Agilent 2100 Bioanalyzer

Abbildung eines Bioanalyzers 2100

Manuelle Bestimmung der Fragmentgrößenverteilung für unterschiedlichste Probenarten (DNA, RNA).

Thermo Fisher Qubit 3.0

Fluorometer zur Quatifizierung von DNA, RNA, microRNA und Proteinen, welches hoch sensitive und akurate fluoreszenz-basierte Quantifizierungsassays verwendet.

Thermofisher NanoDrop One

Mikrovolumen-Spektrophotometer zur Bestimmung der Probenqualität.

ROCHE LightCycler 480 II

Hochdurchsatz-PCR Plattform (96 / 384-Well Platten), die mehrere Methoden zur Gendetektion, Genexpressionsanalyse und Arraydatenvalidierung bietet.

Automatisierung

Agilent NGS Workstation (Option B)

Automatisierung von NGS Protokollen.

Beckman Coulter - Biomek i7

Pipettierroboter zur Automatisierung für hohen Probendurchsatz

Brand - Liquid Handling Pipettierroboter

Automatisches Pipettiersystem für kleinere Probenaufkommen

Thermo - KingFischer Flex

Automatisiertes Aufreinigungssystem (DNA/RNA/Protein)

Einzelzell Sequenzierung

10x Genomics Chromium System

Flexible Single Cell Lösung

Fragmentgrößenselektion

Sage Science - PippinHT

Fragmentgrößenselektion für NGS